컴퓨터의 실행 속도는 여러 가지에 영향을 받습니다. 이 중에서 생물정보학적인 일에 있어서 가장 흔하게 병목현상을 불러일으키는 것이 하드 디스크입니다. 여기에서 설명하는 것은 software RAID라는 것으로, 생물정보학적인 일을 위한 컴퓨터에서는 거의 필수적으로 갖추어야 하는 것 중의 하나입니다.

 

RAID는 Redundant Array of Indepentant (혹은 Inexpensive) Disks의 줄인말인데, 여러 개의 하드 디스크를 동시에 병렬로 access 해서 속도가 빨라지도록 만든 것입니다. 그리고, 지금 설명하고자 하는 것은 software적으로 이를 구현해주는 것인데, 물론 하드웨어적인 solution들도 나와 있습니다. 그렇지만, 이 책은 기본적으로 "큰 부담없이 쉽게 생물정보학 출발하기"라는 점도 있고, software RAID도 고가인 hardware RAID와 큰 차이가 없을 정도의 성능을 보여준다는 점도 있습니다.

 

일단 여러 개의 하드 디스크를 설치할 수 있어야 하므로, 컴퓨터 케이스와 전원공급장치가 이에 적합한 것이어야 합니다. 일반적인 케이스보다는 상당히 더 큰 케이스를 흔히 "server case"라고 부르며 팔고 있는 것을 볼 수 있을 것입니다. 전원공급장치는 출력이 400W가 넘는 정도면 대개는 충분합니다. 그리고 하드 디스크는 메인보드와 연결이 되어야 하는데, 가장 경제적인 해결책은 메인보드 그 자체에 하드 디스크 연결단자가 8개 정도 이미 들어 있어서, 별도의 컨트롤러를 구입할 필요가 없는 메인보드를 구입하는 것입니다. 끝으로, 하드 디스크를 같은 모델, 같은 용량의 것으로 4개 혹은 그 이상을 구입을 합니다.

 

하드웨어 준비가 다 되었으면, 이젠 소프트웨어적인 작업을 할 차례인데, 리눅스에서는 이미 기본으로 다 설치가 되어 있으므로, 간단한 명령만 몇 줄 입력을 해주면 됩니다. 문제는 이를 위해서는 몇 가지 사전 지식을 가지고 있어야 한다는 점인데, 이 자리를 통해 한 번 극복을 해보도록 합시다.

 

"partition을 잡는다"라는 말을 들어본 적이 있을 것입니다. 하드 디스크는 여러 개의 구역으로 나누지 않고 통채로 사용을 하더라도, 여전히 "하나"의 partition은 만들어주어야 합니다. 우리의 경우가 바로 이에 해당하는데 (즉, RAID의 일원으로 사용될 하드 디스크이니 partition을 나눌 일은 거의 없을 것입니다.), 즉, 새로 막 장착을 해서 완전히 텅비어 있는 하드 디스크들에 각기 하나씩의 parition을 만들어주어야 합니다. 리눅스에서는 이를 해주는 표준 유틸리티가 fdisk입니다.

 

(작성 중...)