Beginning Bioinformatics for Biologists
  "생물학자가 생물정보학 시작하기"에 대하여
  Writer : Seyeon Weon   Updated : 10-30   Hit : 7572   Updates 

이곳에 적고 있는 글들은 제목 그대로 "생물학자가 생물정보학을 시작하는데 도움이 되고자 적고 있는 글들입니다. 원래는 일반적인 형태의 책을 쓰려고 했었는데, 어느 분과 약속을 한 대로 일단은 인터넷 상에 적어봅니다. 그리고, 왜 이런 책을 쓰려고 생각을 하게 되었는지에 대해서부터 적어봅니다. 제가 1998년부터 시작해서 결코 짧지 않은 세월을 생물정보학 강의를 해왔었는데, 그 가장 큰 목적인 "많은 양의 데이터가 수반되는 요즘의 생물 분야 연구를 함에 있어서 그 기초가 되는 기술로써의 생물정보학을 국내 생물 분야 연구자들에게 전달하고자 함" 부분에 있어서는 이상하리만치 영향이 적음을 계속 느껴오고 있습니다. 물론 그 원인에는 여러 다른 요인들도 있을 터이나, 다음과 같은 점이 그 핵심적 중의 하나일 것이라 생각이 됩니다. 생물정보학적인 모든 일은 당연히 컴퓨터를 가지고서 해야 하는데, "컴퓨터 사용 기술" 부분이 국내 생물 분야 연구자들에게는 올라가기 불가능한 절벽으로 작용을 하는 것으로 보입니다. 이 책은 한 마디로 이 절벽을 오르기 시작할 수 있는 토대가 되어보고자 하는 것입니다. 이에 따라서, 최대한 누구나 다 따라 할 수 있도록 적어보고자 합니다. 물론 이 책이 이러한 역할을 어느 정도까지 해낼 수 있을지 미리 알 수는 없지만, 진작에 필요한 일이기도 하므로 기대를 가지고서 시작을 해봅니다.

 

위에서, 그리고 이 책에서 말하는 "컴퓨터 사용 기술"이 무엇인가 하는 점에 대해서 간략히 적어봅니다. 그것은 한 마디로 뭔가를 수백 개 이상 다룰 때에 필요한 기술입니다. 예를 들어 다루고자 하는 gene sequence가 몇 개 정도일 때에는 웹 브라우저 상에서 일일이 마우스 클릭을 하고, 편집기 상에서 손으로 편집을 하는 방식으로도 가능한 일입니다. 그런데, 요즘 흔히 다루어야 하는 개수는 이런 식으로는 불가능한 숫자입니다. 게다가, 대부분의 biological database들은 웹 서비스뿐만이 아니라 원본 그 자체도 공개가 되어 있는데, 물론 웹 서비스를 이용해서 어떤 DB를 사용을 할 수가 있지만 이렇게 되면 제공되는 방식으로만 사용을 할 수가 있다는 한계가 있게 됩니다. , 원본 데이터를 자신의 연구 목적에 필요한 방식으로 자유자재로 사용을 할 수가 있어야 합니다. 이 책에서 말하는 "컴퓨터 사용 기술"은 바로 이와 같은 경우를 위해서 필요한 기술들입니다. 그리고 이 책에서 설명한 방식 이외에 다른 방식은 적어도 현재로서는 존재하지 않습니다. 물론 조금 지나친 강조라는 느낌도 들 터이나, 실제 상황이 그러합니다. "요즘 생물학 연구"를 제대로 해내고자 하는 생물 분야 연구자라면 다른 선택이 없으므로, 이 책에서 설명하는 방식의 "컴퓨터 사용 기술"을 반드시 익혀야 합니다. 어찌하여 다른 방식은 존재하지도 않는지, 그리고 이런 기술을 가지지 않고서는 biological data들을 제대로 활용을 하는 것이 왜 불가능한 것인지는 이 책을 읽어 감에 따라 더욱 제대로 이해를 할 수가 있을 것입니다.

 

그리고생물 분야 연구 그 자체가 과연 이렇게까지 컴퓨터 사용 기술을 제대로 갖추는 것이 요구되는 것인가 하는 의문에 대해서 적어봅니다. 위에서도 적었지만 현재 국내의 상황은 분명히 그렇지가 않아 보입니다. 반대로 선진국의 상황은 이미 분명히 그러하며, 갈수록 점점 더 그러한 면이 강해지고 있습니다. 이는 최근의 생물 분야 저널들, 그리고 외국 유명대학들의 강의들에서 누구나 확인을 할 수가 있을 것입니다. 결론부터 적으면, 우리가 하는 생물학이 선진국의 생물학과 다를 수는 없을 터이니, 단지 변화에 뒤쳐지고 있는 것뿐일 것입니다. 그리고, 마치 닭이 먼저냐 달걀이 먼저냐 하는 문제와 같아서, 이런 컴퓨터 사용 기술의 결핍은 다시 이런 기술을 요구하는 방식의 생물 분야 연구의 결핍을 불러일으키고, 다시 이 결핍으로 인해서 더욱 컴퓨터 사용 기술에는 등한시 하게 되는 것입니다. 일종의 악순환이 일어나고 있는 셈인데, 이 책이 이 악순환의 고리를 깨는데 작은 역할이나마 할 수 있게 되기를 바랍니다.

 

책에 대한 좀 더 구체적인 점들을 적어봅니다. 우선, 이 책의 대상으로는 하는 독자는 한 마디로 생물 분야의 모든 사람들이며, 물론 기초 분자생물학 정도는 이미 알고 있다고 가정을 하고 이야기를 전개를 해나갑니다이 책에 적힌 내용은 "요즘 선진국들에서 하고 있는 방식의 생물 분야 연구"를 위해서는 학부 때 배우는 기초적인 분자 생물학 실험 테크닉과 거의 같은 위치 및 역할을 차지하는 것입니다. 위에서도 적은 것처럼, 이 말이 현재 국내에서는 거의 메아리조차 없는 것은 잘 알고 있지만, 그래도 경청을 하는 사람도 있을 터이고 또한 누군가는 이와 같은 말을 해야 할 필요가 있는 것이기도 할 것입니다. 그리고, 일면 섬세한 손재주가 필요한 분자생물학 실험이 적성에 덜 맞더라도 생물 분야 연구를 하려면 누구나 반드시 해야 하는 것처럼, 컴퓨터 사용 기술 또한 마찬가지라는 점도 있습니다어떤 사람은 컴퓨터를 사용해서 뭔가를 하는 것이 더 적성에 맞는 경우도 있고 때로는 그 반대인 경우도 있겠지만, 이제는 적성에 잘 맞는 소수만의 일이 아닌 누구나 해내야 하는 것이 되어버렸습니다.

 

이 책을 읽는 방법에 대해서 정리를 해보면 다음과 같습니다.

  • 다시 목차 페이지로 돌아오게 하는 방법은 [List]이라고 되어 있는 버튼, 상단에 있는 제목, 그리고 왼쪽 메뉴의 해당 항목 등을 누르면 됩니다. 브라우저의 [뒤로] 버튼도 물론 작동을 합니다.
  • "Updates"를 누르면 최근에 수정된 글일수록 위쪽에 위치하게 되는 순서로 정렬을 하여 10개까지 보여줍니다. 자주 방문하여 읽는 경우에는 이 기능을 이용하면 편리할 것으로 생각이 됩니다.
  • 책의 분량이 많아져야 제대로 쓸모가 있게 되겠지만검색 기능도 활용을 해보기 바랍니다.
  • 이 책의 hypertext layout 단순히 두 개의 층으로만 되어 있습니다. , 가장 상위에 하나의 페이지로 된 목차가 있고, 이 목차 페이지에는 각 chapter section까지 나열이 됩니다. section 각기 별도의 페이지로 되어 있습니다. browsing을 할 때에 이와 같은 두 개의 층 사이를 오가면 됩니다.
  • 본문에서 주석이 달린 단어들은 페이지의 하단에 있는 주석에 링크가 되어 있으며클릭을 하면 해당 주석은 붉은색으로 표시가 됩니다주석은 본문에서 나타나는 순서와는 상관없이 나열이 되어 있습니다. (주석의 순서를 본문과 맞추는 것은 조금 번거로운 일이라 일단은 이렇게 해둡니다.)
  • 유닉스 상의 명령어 및 소스 코드는 Courier 폰트로 표기를 합니다.
  • 엷은 회색으로 된 부분은 글의 본류에서는 벗어난 흔히 말하는 "사족"에 해당하는 것으로, 독자에게 직접 요청을 하는 것과 같은 류의 여러 가지 내용의 첨언을 한 것입니다. (온라인 책은 이처럼 여러 색상을 인쇄 비용 등의 부담이 없이 사용을 할 수가 있다는 장점도 있군요.)

그리고 완성되기 전에 독자를 미리 가질 수 있다는 것이 이 책과 같은 "온라인 책"이 가진 장점 중의 하나일 터인데, 독자로서 참여를 하고 싶은 경우에는 이 글 아래에 있는 "독자 mailing list"를 읽어보기 바랍니다글투는 존댓말을 사용하는데만약 인쇄된 책으로 내게 되면 좀 이상해 보일 수도 있을 것입니다이 점은 그때 가서 고민을 하도록 하고, 일단은 온라인 상이니만큼 아무래도 존댓말이 좋을 것으로 생각이 됩니다. 그리고 격식을 덜 갖춘 표현들도 많이 사용하게 되는데이제는 워낙 인터넷 상의 문화에 익숙할 터이니 이를 어색하게 느끼는 사람은 드물 것이라 생각이 됩니다. 그렇지만 적당한 수준을 지키도록 하겠습니다. 제가 더욱 글을 쓸 마음이 나게 할 터이니 많은 feedback을 바랍니다. 이곳에 있는 email 주소로 보내주시면 됩니다.

 

아래는 시간적인 면에 대한 사항입니다.

  • 처음 글을 쓰기 시작한 날짜: 2006년 9월 26
  • 첫 초고 완성 기대일: 2006년 12월 31
  • 최종 완성일: 없음. 계속 고쳐나갈 것임. 온라인 책이라는 장점을 살려보도록 하겠습니다.

그리고, 아래에 comment 형식을 빌어서 일종의 journaling을 해보도록 하겠습니다. email로 보내준 comment들 중에서 다른 사람들도 읽을만한 것은 관련되는 글 밑에 달아놓도록 하겠습니다.


  06-10-02
지금 글을 쓰고 있는 환경은 그누보드인데, 책에 적합하도록 손질을 좀 했습니다. 음, 그러고 보니 GNU에 따르면 이런 것도 원래는 공개를 해야 하는군요. 음, 지금 comment에 적기에는 너무 긴 이야기로군요. 기본적으로는 http://www.sir.co.kr/bbs/board.php?bo_table=g4_skin_board&wr_id=4807 에 있는 skin을 토대로 한 것입니다. 음, 다음에 시간에 내서 다른 게시판에 적어놓겠습니다.

그나저나, 책 내용은 안 쓰고 그누보드 다듬기만 하고 있군요. ^^; 명필은 붓을 안 가린다는 말이 이 경우에 해당하는지... 하여간,  아무래도 책 형태의 게시물을 위해서는, 원래 토론이 위주인 일반적인 게시판 형태로는 단점이 좀 심하게 있는 것 같아서 도저히 참을 수가 없더군요. ^^;
  06-10-25
드디어 홈 페이지 다듭는 일을 거의 마무리 하고 다시 글쓰기 모드로 돌입을 해봅니다. 한 번 키보드 잡으면 몇 페이지 정도씩은 써야만 원래 계획하고 있는 금년 말까지의 첫 초고 완성이 가능할 터인데... 이것도 꽤 일이 되겠지만, 그래도 한 번 해두면 두고두고 여러 모로, 그리고 여러 사람에게 도움이 되는 일이 될 터이니...

그리고 글을 쓰는 환경에 대해서도 조금... 이와 같은 코멘트 정도의 글은 그냥 웹 브라우저 상에서 적고, 나머지 긴 글들은 실제로는 MS Word에서 적고 있습니다. 물론 맞춤법 체크 때문이죠. 딴 소리 약간... Word에서 이상하게 말줄임표를 가운데 점 6개로 강제로 바꾸고, 이미 써놓은 글에서는 마침표 6개로 바꾸어서 왜 그런가 했더니, http://www.barunmal.com/board/qshangul/qshangulview.php?no=513&boardname=qshangul 에 이유가 나와 있군요. 하지만, 워낙 보기가 싫어서 이 맞춤법은 따르지 않기로 합니다.
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