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  [Bioinformatics Programming] 압축파일을 grep 하기, inverse로 grep 하기
  Writer : Seyeon Weon     Date : 10-02     Hit : 10154    
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gzip -dc compressed_file.gz |grep 어쩌구

식으로 해도 되겠지만, zgrep이란 것이 따로 있습니다.  압축 안 된 파일도 알아서 제대로 처리를 해줍니다.  물론 파일 크기가 크고, 빈번하게 access하는 경우에는 압축을 일단 풀어서 그냥 grep을 해야 할 터이고요.

내친 김에 grep tip 조금 더...

-h 옵션은 여러 파일을 한꺼번에 input으로 사용할 때에 달아줄 일이 자주 생깁니다.  파일명은 빼달라는 옵션이죠.

그리고, -v 는 inverse로 grep하는 옵션입니다.  즉, 그런 패턴이 없는 라인을 grep합니다.

grep -v -f not_these_genes.list

처럼 하면 된다는 것이 이해가 되죠?