Bioinformatics Course Board
   
  [Bioinformatics and Computational Genomics] ancestral allele
  Writer : Seyeon Weon     Date : 10-02     Hit : 11753    
  트랙백 주소 : http://www.bioinformatics.pe.kr/gnuboard/bbs/tb.php/course/121
강의 준비를 하다가 생각이 나는 것들이 있어서, 강의 시간에는 시간이 부족할
터이니 조금 적어봅니다.  SNP에서 둘 중에서 (왜 "둘"인지는 강의 시간에 설명을
합니다.) 어느 쪽 allele이 ancestral allele인지 알아내는 방법은 침팬지와
비교를 하는 것입니다.  이제 곧 고릴라, 오랑우탄 등등이 다 나올 터이니, 더욱
정밀한 그림이 가능하겠군요.

이 분야의 독특한 장점 중의 하나가 일석이조라는 점이로군요.  하나는 "질병
원인 찾기"이고 다른 하나는 "인류의 기원"이죠.  후자에 별 관심이 없는
사람들도 이제는 이에 대한 공부를 좀 해야 합니다.  왜냐하면, SNP 같은 것들의
생긴 모양이 바로 후자에 의한 것이므로...

그나저나, 한국인에 대한 것...  이걸 제대로 좀 체계적으로 하면 좋을 터인데요.
뭐, 당연히 언젠가는 되겠지만, 지금이 딱 그럴 시기이기도 하니...  앞
email에서 소개한 기자 회견에 보면, 중국인과 일본인은 있는데 한국인은 빠진
것을 볼 수가 있습니다.  기분이 영 좀 그런...

음, 한 가지 재밌는 점은, 중국인과 일본인은 family trio를 하지 않았다는
것입니다.  (왜 family trio를 하는지는 강의에서 설명을 합니다.)  이로 인해서

We estimate that 'switch' errors - where a segment of the maternal haplotype
is incorrectly joined to the paternal - occur extraordinarily rarely in the
trio samples (every 8Mb in CEU; 3.6Mb in YRI). The switch rate is higher in
the CHBþÊPT samples (one per 0.34 Mb) due to the lack of information from
parent-3offspring trios, but even for the unrelated individuals, statistical
reconstruction of haplotypes is remarkably accurate.

이 됩니다.  (p1302, Nature volume 437, number 27, "A haplotype map of the
human genome")

이렇게 멍청한 선택을 한 이유가 뭘까요?  글쎄요, 뭘까요?  설마 이런 기초
지식이 없어서 잘못 계획을 세웠던 것은 아니겠죠?  그밖에 다른 설명은 힘들다는
것이 문제로군요.  음...

하긴, 우린 이 정도도 못하는 주제에 남에 흠집을 헤집고 있군요. ^^; 어쨌거나
생물학은 참으로 할만한 것이로군요.  물론 다른 자연과학도 각기 나름대로
그러하겠지만...  그리고 "요즘"이 그야말로 제철인 때로군요.  처음으로 제대로
들여다 볼 수 있게 된 것이 무척이니 많으니...  적어도 이 점에서는 21세기가
biotech의 세기인 것만은 확실합니다.  산업이나 경제적으로는 22세기까지
기다려야 할지라도 말입니다.