Bioinformatics Course FAQ

 

아래는 생물정보연구소에서 실시하는 코스들에 대한 Frequently Asked Questions입니다. 답의 대부분이 실제로 보낸 email을 그대로 옮긴 것이라, 사용한 글투가 격식을 덜 갖춘 점을 양해 바랍니다.


Unix와 perl 등은 당장 알아야 할 것 같은데, 코스가 1년이 지나야 다시...
 

이게 사실 문제이더군요. 다들 연구를 위해서 한시가 급한데, 코스들은 1년이나 지나야 다시 열리고 하니 말입니다. 한 가지 방안은 위에 적은 것들에 대해서는 하루짜리 코스들도 만들어서 소수의 요청만 있어도 열 수가 있도록 해서 interval을 줄이는 것인데, 현재 어떤 모양으로 할까 고민을 하고 있는 중입니다.

그리고, 위의 것들은 물론 책도 있고 하니 혼자서 해내는 것이 불가능한 것은 아니지만, 그래도 이미 하고 있는 사람이 어떻게 하는지를 구경을 해보는 것은 출발 시간을 확 단축시킬 수가 있다는 점에서 상당히 도움이 되겠죠. 바로 이로 인해서 선진국들에서도 이런 것을 강의하는 코스들이 있는 것일 터이고요.

일단은, 강의 홈 페이지에 언급되어 있는 자료들을 가지고서 시작을 해보기를 바랍니다. 이런 종류의 컴퓨터 사용법은 마치 수영 배우는 것처럼 직접 해보면서 배워야 한다는 점이 있죠. 일단 무턱대고 시작을 해보면 점차로 길이 보일 것입니다. 그런 성질의 것이죠. 게다가 무슨 학문적인 이해가 필요한 것도 아니고, 그야말로 손으로 익히면 되는 류의 것이라는 점이 있고요.

그리고, perl 프로그래밍에 대해서도 조금 적으면, 일단은 책을 하나 잡고 씨름을 해보기를 바랍니다. 그리고, perl 프로그래밍 역시 위에 적은 것과 같이 "손에 익히기" 방식이 충분히 가능한 것입니다. 지금까지 본 바로는, 이런 식으로 해서 대개는 필요한 정도는 해내게 되더군요. 또한, perl 프로그래밍의 아주 기본적인 것만 습득을 하면, 그걸 가지고서 해낼 수 있는 일이 엄청나게 생기게 됩니다. 물론 컴퓨터 프로그래밍은 아주 배울 것도 많고 한 기술이지만, 이런 것까지 목표를 두지 말고, 일단은 예를 들어 "BLAST를 여러 sequence에 대해서 자동으로 돌리기" 같은 류의 것에 목표를 두면, 그야말로 조금만 노력을 하면 누구나 그리 많은 시간이 걸리지 않고 익힐 수가 있는 일입니다.


몇 가지 코스를 수강해야 하는지?
 

많은 수는 아니지만, 아예 열리는 것마다 거진 다 듣는 사람도 있습니다. 물론 더 많은 수가 그렇지 않고요. 제 생각에 생물 분야 연구자들에게 공통적으로 필수 코스라 생각이 되는 것은 다음입니다.

  • Bioinformatics for Omics and Systems Biology
  • Bioinformatics for Sequence Analysis
  • Bioinformatics for Genome Analysis
  • Bioinformatics Programming
  • Practical Bioinformatics Tools
  • Statistics for Bioinformatics

코스의 수강이 문제가 아니라, 이 코스들에서 다루는 내용 정도는 반드시 알고 있어야 "요즘 생물학 연구"를 할 수가 있다는 점이 문제인 것이로군요. 국내에서 아직은 이런 것들에 대한 필요성은 느끼는 정도가 워낙 약하니, 코스에서 보이는 현상 또한 이를 그대로 반영을 하고 있는 상황일 것입니다. 앞으로 점차로 달라지리라 기대를 해봅니다.


수강할 코스의 선택에 대한 안내
 

Bioinformatics Course Series의 코스들 중에서 어떤 것을 선택하여 들을 것인지에 대한 도움말을 조금 더 적어봅니다. 우선, PI급으로서 지시를 하는 수준이 아니라 자신이 직접 bioinformatics work을 해야 하는 경우라면, Bioinformatics Programming 코스와 Practical Bioinformatics Tools 코스를 함께 수강을 해야 합니다. http://www.bioinformatics.pe.kr/course/series.html서도 이미 다 적은 이야기이지만, 이 수준을 알아야만 웹 브라우저 상에서 마우스 클릭에만 의존하는 것에서 벗어날 수가 있는 것입니다. Bioinformatics for Sequence Analysis 코스는 극히 예외적인 경우가 아니라면 모두에게 공통적으로 필요한 지식일 것입니다. 그리고 DNA microarray를 이용하는 쪽의 연구를 하는 경우에는 Bioinformatics for Omics and Systems Biology 코스와 DNA Microarray Bioinformatics 코스를 함께 수강을 해야 하고, 더불어 Statistics for Bioinformatics 코스도 중요한 기초가 됩니다. 그리고, 생물정보학의 개괄적인 것을 파악하고 싶은 경우에는 Bioinformatics and Computational Genomics 코스와 Bioinformatics in Practice 코스를 수강하기 바랍니다.

학부생으로서 시간적인 여유를 가지고서 장기적인 안목에서 좀더 확실하게 공부를 하고 싶은 경우에 대해서도 적어봅니다. Bioinformatics and Computational Genomics 코스와 Bioinformatics for Omics and Systems Biology 코스는 생물정보학의 전반적인 면에 대한 기초가 됩니다. 그리고, Bioinformatics for Sequence Analysis 코스와 Bioinformatics for Genome Analysis 코스 두 가지를 모두 수강함으로써 개별 gene 및 전체 genome sequence에 대한 지식을 갖추는 것도 필요합니다. 그리고, 컴퓨터 프로그래밍에 대한 지식과 통계학 및 전산학 기초에 대한 지식도 갖추어야 하는데, 본 시리즈의 해당 코스들은 "짧은 시간에 급하게 흡수를 하고자 하는 사람들"을 위한 면이 강하니, 장기적인 안목에서는 본 시리즈의 해당 코스들 보다는 소속 대학에 개설되어 있는 한 학기짜리 코스들을 수강을 하는 것이 더욱 좋은 선택일 것입니다. 그리고, 전산학과에서 알고리즘 과목까지 수강을 한 경우에는 Bioinformatics Core Algorithms 코스를 수강을 해보기 바랍니다. 한 가지 추가할 점은, Bioinformatics Training Course(BTC)에 대한 것입니다. 일단 BTC 홈 페이지를 방문하여 prerequisite에 대해서 살펴보기 바랍니다. 현재의 상황은 요구되는 prerequisite을 갖추고서 신청을 하는 사람이 지나치게 적어서 열리지 못하고 있습니다. 장기 코스인 BTC는 어느 정도 인원이 되어야만 열릴 수가 있으니, 일단은 Bioinformatics Course Series의 코스들을 잘 활용을 하기 바랍니다. 물론 BTC가 빠른 시일 내에 열릴 수 있게 되기를 간절히 바랍니다.

Bioinformatics for Structure Analysis 코스, Bioinformatics for Genetic Analysis 코스, 그리고 Bioinformatics for Phylogenetics and Molecular Evolution 코스는 상대적으로 좀더 전문화된 내용이라 할 수 있는데, 이에 따라서 코스의 개설이 우선 순위에서 밀리게 되니 개설되기를 원하는 경우에는 반드시 email로 요청을 하기 바랍니다. 물론 DNA Microarray Bioinformatics 코스도 전문화된 내용이라는 점에서는 마찬가지이나, 수요가 많으므로 이 문제가 없습니다.


강의가 끝난 뒤에 실제 응용을 할 때 자문을 받을 수가 있는지?
 

서로 가르쳐주고 또 서로 배우고 하는 것이야 당연히 학문을 하는 사람들끼리 서로 해줘야 하는 일이죠. 그런데 현실적인 문제가 문제로군요. 보시다시피 email 답장도 제대로 못할 정도로 시간이 없고, 제 몸이 하나라는 점이 말입니다. (하긴, 제 아이들을 학원을 전혀 안 보내고 제가 직접 가르치고 있는데, 이런 시간은 있긴 하지만...  갑자기 엉뚱한 소리였군요. ^^;)

그런데, 문제는 또 이 점이죠. 강의 하나 달랑 해주고는 "이젠 더 물어보지 말고 알아서 하라"는 것 또한 문제인 것이죠. 그리고, 제 생각엔 위에 적은 현상, 즉 국내에서 "bioinformatics가 요구되는 방식의 생물 분야 연구"가 유독 약하게 된 이유 중의 하나가, 바로 저 같은 사람이 "강의 하나 달랑 해주는" 것밖에 하지 않았기 때문이 아닐까 하는 생각도 하게 됩니다.

따라서, 어떤 절충안이 필요할 터인데요. 그참 문제로군요. 일단 별생각이 없이 편하게 하는 소리를 조금 적으면... 그냥 시도를 해보기 바랍니다. 제가 시간이 종종 나기도 하고, 또 저에게 흥미가 확 끌리는 일이면 억지로 시간을 내지 않고서도 답을 할 마음이 생기게 되기도 할 것입니다.

아니군요. 분위기 조금 바꾸어서... 주저하지 말고 괴롭히기 바랍니다. 제 생각엔 이게 발전적인 정답인 것 같군요. 음, 제가 이를 위한 시간을 따로 내거나 하는 것도 필요한 것 같군요. 마치 미국 대학 교수들의 office hour 같은 식으로... 기왕 하는 김에 일이 반드시 제대로 되게 해야 하는 것이고, 이를 위해 필요한 것 중의 하나가 "막힌 것에 대해서 조언을 해주는" 류의 것이로군요. 음, 이 부분에 대해서는 구체적인 모양새 등을 좀더 고민을 해보겠습니다. 어쨌든, 원칙적으로는 "조언을 구하는 것이 반드시 가능해야" 하는군요.

(아래 부분은 원래 질문한 사람에게는 보내지 않았던 내용인데, 추가를 합니다.)

특히 이 질문에서 한 가지 문제가 잘 드러나는군요. 생물정보학은 분자생물학 연구에 필요한 다른 기술과는 달리 예를 들어 막혔을 때 "물어볼 선배"가 주변에 존재하지 않는다는 점이 치명적인 점이 되는군요. 물론 세월에 따라 점차로 나아지겠지만, 현재로서는 다들 맨땅에 해딩을 할 수밖에 없는 형편이로군요. 그것도 대개는 홀로... 음, 어쨌든 이 "물어볼 선배" 역할을 누군가는 해야 하는군요. 저도 아예 이 용도로 시간을 따로 만들든지 해야 하나 하는 생각도 하게 되는군요.

 

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Last update: 11/15/2006